Desarrollan base de datos de información genómica sobre P. salmonis
Chile: La herramienta fue creada por el Magíster (c) en Microbiología de la línea “Salud Animal en el Ambiente Marino” (RP3 del Centro Incar), Guillermo Nourdin.
Una base de datos que unifica toda la información genómica del patógeno Piscirickettsia salmonis disponible en la base de datos biológicas, eso es “PsalmonisDB”, herramienta desarrollada por el Magíster (c) en Microbiología de la línea “Salud Animal en el Ambiente Marino” (RP3 del Centro Incar), Guillermo Nourdin, en colaboración con el equipo del Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho, director del Laboratorio de Bioinformática Integrativa de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas de la Universidad de Chile.
Esta base de datos es capaz de almacenar la información relacionada a secuencias y sus respectivas anotaciones funcionales. Por otro lado, PsalmonisDB implementa “UCSC Genome Browser”, el cual es una aplicación de exploración genómica en donde se encuentran cargada toda la información correspondiente a P. salmonis. “Además, implementa el software BLAST dentro de su interfaz, permitiendo hacer un alineamiento contra toda la nueva información generada y almacenada dentro de la base de datos PsalmonisDB”, explica Nourdin.
“Identificamos un total de 59.439 genes de 19 genomas completos de P. salmonis disponibles en bases de datos públicas, con un promedio de 3.128 genes por genoma. Esta información actualizada podría ser útil para futuros estudios genómicos, siendo una herramienta adicional para la anotación de los genomas de este patógeno y nuevos estudios vinculados a su organización, su biología y desarrollo de metodologías de tratamiento y diagnóstico de enfermedades asociadas a P. salmonis”, detalla el candidato a Magíster en Microbiología.
En noviembre de este año, Guillermo Nourdin presentó sus resultados en formato póster en el Congreso International Society for Computational Biology, ISCB, realizado en Viña del Mar, de acuerdo con lo informado por el Centro Incar.
