Chilenos desarrollan PCR multiplex para tipificación de sub-linajes de Renibacterium
Chile: Un trabajo colaborativo entre científicos chilenos dio como resultado la creación de un nuevo protocolo de PCR multiplex, que permite la discriminación entre los sub-linajes 1a, 1b, 1c y 1d del patógeno acuícola.
Publicado
Actualizado
El diagnóstico rápido y preciso de BKD, incluida la detección y tipificación de los distintos aislados, es esencial para una vigilancia integral e investigación de la epidemiología de la enfermedad en nuestro país.
A partir de un trabajo colaborativo entre los equipos de investigación de los Drs. Francisco Melo y Fernando Mardones de la Pontificia Universidad Católica de Chile, y el Dr. Ruben Avendaño de la Universidad Andrés Bello y el Centro Incar, fue posible desarrollar un nuevo protocolo de PCR multiplex y posterior secuenciación para tipificar los sub-linajes de Renibacterium salmoninarum existentes en Chile.
La creación y validación del nuevo protocolo, publicado recientemente, se logró a partir del trabajo con 27 aislados de la bacteria obtenidos de muestra de riñón, corazón, hígado o bazo de salmón Atlántico y salmón Coho cultivados desde la Región de La Araucanía hasta la Región de Magallanes. Lo anterior durante brotes ocurridos entre 2014 y 2021.
Partiendo desde la premisa que existen cuatro sub-linajes de la bacteria en nuestro país, 1a, 1b, 1c y 1d, los expertos primero identificaron algunos nucleótidos que presentan diferencias en regiones bien específicas del genoma, comúnmente llamado SNPs.
Así, los científicos descubrieron un conjunto de tres nucleótidos (SNP 2088, 2092 y 2123) posicionados dentro del genoma en una forma que permitía su amplificación simultánea mediante PCR, y que a su vez eran únicos para cada sub-linaje permitiendo su diferenciación.
Dentro de las aplicaciones prácticas de estos resultados, el Dr. Ruben Avendaño explica a Salmonexpert que es de importancia debido a que se conoce el linaje de R. salmoninarum endémico de una piscicultura, “podría conocer si es la misma bacteria la que provoca los brotes después del traslado de los salmones a engorda en mar, e incluso determinar si los salmones infectados pudieran tener bacterias de dos o más linajes”.
Adicionalmente, el investigador del Centro Incar señala que el estudio previo de Bayliss y col. (2008) incluso otorga relevancia a los linajes ya que se pueden asociar con el país de origen de las ovas, que antiguamente se importaban al país.
“El protocolo está validado y las aplicaciones son muy valiosas. Por ejemplo, los laboratorios de diagnóstico de la red podrían implementarlo para la caracterización de los linajes, asociándolos a las distintas pisciculturas o centros de engorda. Incluso un aislado que nosotros tenemos categorizado como altamente virulento presenta un linaje específico, por tanto, realizaremos más estudios nuevamente en colaboración para asociar el potencial patogénico de R. Salmoninarum y sus linajes”, menciona el Dr. Avendaño.
Lea el abstract del estudio titulado "Method for lineage typing of epidemic Renibacterium salmoninarum in Chilean salmon farms", aquí.
