Nuevas pistas genéticas frente al mayor desafío sanitario de la salmonicultura chilena
Investigaciones revelan nuevas señales genéticas de resistencia, mecanismos celulares asociados y herramientas para mejorar la selección genética del salmón.
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La búsqueda de salmones con mejores atributos de resistencia frente a Piscirickettsia salmonis está llevando a los investigadores a mirar cada vez más profundamente en su genoma. En Puerto Varas, la Primera Conferencia Internacional sobre Piscirickettsiosis (SRS 2026), organizada por el Centro Interdisciplinario para la Investigación Acuícola–Investigación Aplicada (INCAR²), reunió a especialistas nacionales e internacionales para compartir avances en torno a este desafío sanitario. Dentro de la sesión de genética y genómica, cuatro exposiciones abordaron distintas dimensiones de esta búsqueda:
En la presentación Fine-mapping SRS resistance in Atlantic salmon to improve genomic selection and identify gene-editing targets, Rayner Gonzalez-Prendes, de Hendrix Genetics, abordó cómo identificar las variantes genéticas que explican las diferencias de resistencia entre salmones Atlánticos. Para ello, el equipo analizó más de 8.000 ejemplares sometidos a desafíos con P. salmonis, buscando regiones del genoma asociadas a la supervivencia y genes que pudieran tener una función en esta respuesta.
El estudio identificó cinco regiones significativas en los cromosomas SSA2, SSA4, SSA9, SSA10 y SSA19, además de genes candidatos relacionados con la integridad celular, la homeostasis de proteínas y la respuesta inmune. Sin embargo, los marcadores identificados individualmente explicaron una proporción reducida de la variación fenotípica, lo que apunta a una característica poligénica. “No existe un solo QTL que tenga un efecto grande sobre la resistencia. Lo que existe son algunos QTL con efectos bastante pequeños”, explicó Gonzalez-Prendes. En esa línea, precisó que “se asume que todos los SNP tienen el mismo efecto y eso en realidad no es verdad en la biología”, razón por la que están evaluando modelos que asignan mayor ponderación a los marcadores más relevantes.
El objetivo es que esos resultados puedan traducirse en evaluaciones genómicas más precisas y, posteriormente, en decisiones de selección. El investigador mostró como referencia una estrategia aplicada en trucha, donde ponderar los SNP según su asociación con el carácter permitió mejorar la capacidad predictiva. “Teniendo la misma información, solamente modelándola de otra forma, se puede mejorar esta predicción”, señaló. La investigación contempla además profundizar en la función de los genes candidatos mediante análisis de expresión y otras herramientas de validación.
Otra aproximación presentó Thomas Moen, de AquaGen, en la exposición A major QTL for resistance against Salmonid Rickettsial Septicaemia in Coho Salmon. A diferencia del escenario poligénico descrito en salmón Atlántico, su trabajo identificó una región de gran efecto en el cromosoma 21 del coho. El análisis consideró más de 10.000 peces pertenecientes a cerca de 1.000 familias, provenientes de dos poblaciones sometidas a pruebas de desafío. En ambas se detectó un QTL que explicó el 72% y el 82% de la variación genética de los días hasta la muerte.
A partir de esa señal, el equipo concentró la búsqueda en una región que contiene genes candidatos como HINT3 y un ARN largo no codificante. Los análisis encontraron asociaciones entre los genotipos y los niveles de expresión de ambos transcritos, aunque todavía se requiere determinar qué variante explica directamente la resistencia. Moen también destacó el comportamiento dominante del alelo favorable: “Hay una diferencia muy pequeña entre el gen heterocigoto y el homocigoto resistente. Hay una dominancia en la resistencia al QTL”. Esto tiene una consecuencia directa para la selección, ya que “los peces heterocigotos serían casi tan buenos como los peces homocigotos resistentes”. Según explicó, los reproductores comerciales de AquaGen seleccionados para resistencia al SRS cuentan al menos con una copia de ese alelo.
De las variantes genéticas a los mecanismos celulares
La presentación de Víctor Martínez, investigador de FAVET-INBIOGEN de la Universidad de Chile, titulada Unraveling the genomic basis and convergent evolution of resistance to Piscirickettsia salmonis, abordó una pregunta complementaria: si el salmón Atlántico y el coho han desarrollado respuestas genéticas similares frente a la exposición al patógeno. Para investigarlo, comparó señales de selección en poblaciones de distinto origen e integró información genómica para identificar procesos biológicos compartidos entre ambas especies.
Uno de los principales resultados fue la coincidencia de señales asociadas a la regulación del citoesqueleto, estructura celular que la bacteria puede aprovechar para ingresar y propagarse dentro del hospedador. En salmón Atlántico, el análisis también identificó genes como ARPC4 y WASP/N-WASP, vinculados con la dinámica de la actina. Martínez explicó que “la mayoría de las vías que encontramos están asociadas a la regulación del citoesqueleto”, y destacó que estas coincidencias sugieren una respuesta convergente entre especies. El trabajo también consideró la participación de ARN no codificantes, capaces de regular la expresión genética: “Muchos de estos genes son genes no codificantes. Por lo tanto, la regulación de esta resistencia podría estar perfectamente dada por este tipo de mecanismos”.
Otra exposición fue la de Osiel Guzmán, de Salmones Caleta Bay, con el trabajo Automated phenotyping strengthens genetic evaluation of growth and SRS resistance in salmon breeding programs. Su presentación se centró en una dificultad práctica de los programas de mejoramiento: obtener mediciones fenotípicas suficientes y confiables para evaluar un número amplio de peces. Aunque las herramientas genómicas han avanzado, el registro individual de características como el peso, el largo y el ancho sigue siendo un proceso complejo cuando se realiza a gran escala.
Para abordar esa limitación, presentó un sistema robótico que utiliza visión artificial para medir los ejemplares, almacenar imágenes y asociar los registros a su identificación individual mediante Pit-tags. En una evaluación con trucha arcoíris se analizaron más de 32.000 peces y se compararon cerca de 13.000 mediciones automatizadas con registros manuales. Los resultados mostraron una alta concordancia entre ambos métodos y permitieron mejorar las estimaciones genéticas: la heredabilidad del peso de cosecha aumentó de 0,34 a 0,40, mientras que la correlación genética entre crecimiento y resistencia al SRS pasó de 0,14 a 0,18.
Guzmán también destacó que la automatización permite reducir errores asociados al trabajo manual y ampliar la cantidad de individuos evaluados. “El sistema no se cansa, no duerme y no se ve afectado por el movimiento”, explicó al comparar ambos procedimientos. Para el investigador, disponer de mediciones masivas y trazables puede fortalecer directamente los programas de selección: “La masividad nos permite incrementar la ganancia genética. Nos permite aportar años de trabajo y que el sistema sea económico y rápido”.
