Publican nuevo protocolo para detección de variantes de ISAV
Estados Unidos: Científicos desarrollaron un nuevo protocolo de RT-qPCR multiplex para la detección de en una sola reacción de ISAV HPR0 o HPRΔ.
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A pesar de que el ISAV se encuentra relativamente bajo control y bajo un estricto programa sanitario específico de vigilancia y control (PSEVC-ISA) en Chile, sigue siendo un patógeno de relevancia a nivel mundial con notificación a la OMSA.
El diagnóstico molecular por RT-qPCR puede incluir luego una secuenciación para identificar si la muestra corresponde al genotipo HPR0 (no patógeno) o HPRΔ (patógeno) y a qué variante específica.
“Sin embargo, secuenciar todas las muestras positivas para ISAV puede ser un proceso laborioso, que puede no ocurrir hasta días o semanas después de la detección inicial de ISAV, y puede retrasar las respuestas regulatorias y de mitigación de enfermedades”, señalan los autores de un nuevo estudio en donde desarrollaron un nuevo protocolo de RT-qPCR multiplex para diferencias de manera rápida entre ambos genotipos.
Los científicos de Estados Unidos y Dinamarca alinearon más de 600 secuencias disponibles en GenBank para ambos genotipos, encontrando una región de 51 pb del segmento 6 que era casi monomórfica para todas las cepas HPR0 y se eliminaba consistentemente de una forma u otra en HPRΔ.
Luego, de esa región, los investigadores encontraron una porción de 13 pb que no estaba presente en ninguna de las secuencias HPRΔ, y con secuencias conjuntas relativamente conservadas para diseñar los partidores.
Con sus resultados y algunas limitantes, los expertos señalaron que el nuevo protocolo de RT-qPCR multiplex es capaz de: 1) detectar si una muestra contiene alguna forma de ISAV, 2) discriminar si las muestras positivas contienen HPRΔ o HPR0, y 3) validar extracciones de ARN con control interno, todo en una sola reacción.
“Desarrollamos un nuevo ensayo de RT-qPCR múltiplex potencialmente importante para diferenciar cepas virulentas y avirulentas de ISAV sin la necesidad de una secuenciación confirmatoria. Aunque encontramos que el ensayo HPR0 no amplificó ninguna cepa HPRΔ, creemos que el método debería evaluarse más ampliamente con cepas HPRΔ y HPR0 adicionales para garantizar su reproducibilidad y especificidad. Si esta evaluación continua tiene éxito, la incorporación de nuestro nuevo ensayo a los procedimientos de detección de ISAV de rutina podría acortar el tiempo de respuesta a los brotes”, explicaron los autores.
Finalmente, y aunque poco probable, los investigadores dieron a conocer que una gran limitante de la reacción se daba en los casos de coinfección con más de un genotipo del virus en la misma muestra.
Lea el estudio completo titulado “Rapid differentiation of infectious salmon anemia virus avirulent (HPR0) from virulent (HPRΔ) variants using multiplex RT-qPCR”, aquí.
