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Nuevo PCR multiplex también permitiría diagnóstico de coinfecciones en salmón

Caracterización del prototipo Multiplex-1 mediante qPCR. Temperatura de Melting del amplicón de los aislados de tipo LF-89 y EM-90. Fuente: Modificado de Isla y col., 2021.
Caracterización del prototipo Multiplex-1 mediante qPCR. Temperatura de Melting del amplicón de los aislados de tipo LF-89 y EM-90. Fuente: Modificado de Isla y col., 2021.

Chile: Además de realizar la genotipificación de los genogrupos LF-89 y EM-90 de Piscirickettsia salmonis, la técnica diagnóstica también identificaría coinfecciones, entre otras ventajas.

Científicos chilenos desarrollaron una PCR multiplex que además de realizar el diagnostico del patógeno, hace posible la genotipificación de los genogrupos LF-89 y EM-90 de la bacteria.

Según el Dr. Alejandro Yáñez, investigador de la Universidad Austral de Chile y uno de los creadores de la técnica, la metodología es rápida, de bajo costo y permite diferenciar genogrupos en dos horas utilizando PCR convencional y en una hora utilizando qPCR.

“Los costos de secuenciación del genogrupo y el acceso a un método estandarizado y exequible lo harán el método más usado en la industria del salmón”, plantea el especialista.

Entre las ventajas que menciona el experto, también se encuentra poder realizar el monitoreo de un gran número de muestras y que permite utilizar equipos que están disponibles en todos los laboratorios de diagnóstico e investigación.

Coinfecciones

El PCR multiplex funciona con ADN de la bacteria extraído desde bacterias en crecimiento en medios líquidos o solidos u órganos de peces infectados. “Al ser PCR de DNA hace que la toma de muestra de tejidos sea simplemente con etanol”, aclara el Dr. Yáñez.

Para el caso de las coinfecciones con cepas de ambos genogrupos, la técnica permite la identificación de dichos casos debido a que la metodología planteada permite obtener diferentes resultados que diferencian ambas cepas. En un PCR convencional con resultados visualizados mediante geles, se visualizará la presencia de dos bandas, y en el caso de qPCR aparecerán dos curvas de disociación.

Cabe destacar que en el diseño de este nuevo protocolo de genotipificación, el conjunto de partidores desarrollados para el PCR fueron extraídos de la información de genes únicos derivados de análisis bioinformáticos comparativos de secuencias genómicas completas de la bacteria que se encuentran disponibles públicamente.

¿Este PCR multiplex puede distinguir los aislados "híbridos" o el nuevo genogrupo EM-90 como lo han presentado otros investigadores? “La eficacia del protocolo se demostró tipificando las cepas de referencia de P. salmonis-LF89 y EM90. En la actualidad, no estamos trabajando en desarrollar un método que permita discriminar las cepas hibridas de otros genogrupos ya que estas pueden ser descritas al utilizar la metodología de MLTS”. 

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