El proyecto internacional que busca estudiar a fondo el IPNV en trucha arcoíris
Chile: Nueve países de la región América Latina y el Caribe son parte de una iniciativa para contribuir al fortalecimiento del cultivo de truchas. La Universidad de Chile es la contraparte principal.
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A través del Acuerdo Regional de Cooperación para la Promoción de la Ciencia y Tecnología Nucleares en América Latina y el Caribe (ARCAL), que reúne a 22 países para promover el uso de las técnicas nucleares y sus aplicaciones con fines pacíficos para mejorar la calidad de vida de la población, surge un nuevo proyecto que busca brindar conocimientos en el uso de técnicas ómicas para la cría selectiva de truchas arcoíris y para afrontar el IPNV.
Titulado “Disminución de la Tasa de Mortalidad de la Trucha Arcoíris Asociada al Virus de la Necrosis Pancreática Infecciosa y Enfermedades Emergentes Utilizando Técnicas Moleculares y OMIC”, el proyecto contribuirá al fortalecimiento del cultivo de truchas en la región para Argentina, Brasil, Chile, Ecuador, México, Perú, Uruguay, Panamá y Venezuela.
En este contexto, recientemente se realizó un primer curso de capacitación sobre instrumentos bioinformáticos para la detección de marcadores moleculares asociados a la resistencia a enfermedades en la acuicultura, donde la Universidad de Chile, liderada por el Dr. José Manuel Yáñez, fue la contraparte principal. Prontamente se realizarán misiones de expertos y más sesiones de capacitación.
El curso fue impartido por el doctor en genética y mejoramiento animal Baltasar Fernández, perteneciente al laboratorio de Genómica Acuícola de la misma Universidad, quien cuenta con experiencia en el campo de la genética cuantitativa y genómica aplicada al mejoramiento genético de especies acuícolas.
El Dr. David Tapia, investigador de la Universidad de Chile e Invasal que también participa en el proyecto, comenta a Salmonexpert que este curso como cubrió todos los temas relevantes en el campo de mejoramiento genético en acuicultura.
“Durante la parte teórica, en línea, se introdujo al mejoramiento genético y resistencia a enfermedades en la acuicultura y a la realización de análisis asociación del genoma completo (GWAS), dando como ejemplo el caso del IPNV en salmón del atlántico,. Durante la parte presencial, se puso en práctica lo aprendido en la primera parte teórica, pudiendo aplicar las herramientas bioinformáticas para analizar datos genómicos y realizar la búsqueda de marcadores moleculares asociados a resistencia a enfermedades, como PLINK y BLUPF90, en datos reales provenientes de truchas arcoíris”, señala el científico.
La hoja de ruta de la iniciativa está definida hasta el 2025 y está marcada por distintos cursos que se realizarán cada año en cada uno de los distintos países participantes en el proyecto. Durante el año 2023, por ejemplo, se realizará un curso en Buenos Aires, Argentina, de metagenómica para la detección de enfermedades emergentes en el cultivo de truchas, y otro en Viena, Austria, en el laboratorio de Seibersdorf de la OIEA, relacionado a genotipificación de muestras de truchas usando chips de ADN. Los lugares y temáticas de los cursos en los próximos años están por definirse.
“Se espera que a lo largo del proyecto los países participantes puedan obtener muestras de truchas arcoíris, especialmente provenientes de brotes de IPN o desafíos experimentales, con las cuales se puedan realizar análisis genómicos que permitan identificar marcadores moleculares de resistencia para la enfermedad en esta especie. Desde este punto de vista, en la universidad de Chile ya contamos con muestras de truchas desafiadas experimentalmente con el virus que podrán ser genotipificadas gracias al proyecto en el laboratorio de Seibersdorf”, añade David Tapia.
Finalmente, el proyecto también se abrirá a la identificación de otro patógenos emergentes mediante análisis metagenómicos utilizando la plataforma MinION de tecnología Nanopore.
La instancia contempla convenios de colaboración y servicios con más de cinco productores de la industria acuícola nacional, como Effigen, Salmones Antártica, Salmones de Chile, entre otros; iniciativas conjuntas con Intesal y el Consejo del Salmón; vínculos con Sernapesca y el laboratorio de referencia del IPN a nivel nacional; y cooperación técnica y científica con instituciones internacionales, como el Instituto Roslin, la Universidad de Edimburgo (Escocia), la Universidad Simon Fraser (Canadá), la Universidad de Victoria (Canadá), la Université Laval (Canadá), la Universidad de British Columbia (Canadá) y la Universidade Estadual Paulista (Brasil).
