Proyecto busca frenar el SRS estudiando en profundidad genes de salmón coho
Considerando que el salmón coho presenta un QTL, que explica cerca del 50% de la variación genética en resistencia, científicos estudiarán su potencial transferencia a otras especies relacionadas.
Published
No es secreto para la industria que Piscirickettsia salmonis continúa siendo el principal dolor de cabeza para la producción de salmones. A pesar de los grandes avances en vacunas, dietas funcionales, genética, entre otros, y en entender en profundidad la biología, epidemiología, fisiopatología y todo lo relacionado con la interacción patógeno-hospedador, todavía no se logra una solución definitiva.
No obstante, el equipo de científicos liderado por el Dr. José Manuel Yáñez, decano de la Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias (Favet) de la Universidad de Chile, desarrolla desde principios de este año un innovador proyecto que combina mapeo genético y edición génica con el objetivo de aportar eficazmente a esta lucha.
El estudio se centra en caracterizar a fondo el cromosoma 21 del salmón coho, donde existe un QTL que explica cerca del 50% de la variación genética en resistencia.
“Consideramos relevante el realizar una caracterización completa de esta región genómica y de los genes presentes en ella, con el objetivo de comprender de mejor forma cómo opera la resistencia en esta especie y la potencial transferencia a otras especies relacionadas, incluyendo salmón del Atlántico y trucha arcoíris”, explica a Salmonexpert el Dr. Yáñez.
Entre los objetivos específicos del proyecto está la identificación de variantes putativas causales del tipo single nucleotide polymorphisms (SNPs) y Structural Variants (SVs) dentro o cercanas a genes candidatos vinculados a la resistencia a P. salmonis, mediante secuenciación dirigida del QTL en el cromosoma 21.
Esto para luego introducir un listado preseleccionado de SNPs y SVs de alto impacto funcional en cultivos celulares de salmón coho, utilizando CRISPR-Cas9, y evaluar el efecto de estas variantes en la carga bacteriana y en la resistencia citopática de células editadas tras infección con P. salmonis.
Sin embargo, no será un proceso simple. “La implementación de edición génica en células de salmón coho es un proceso aún poco explorado en especies acuícolas y exige protocolos optimizados. Además, la técnica de la secuenciación dirigida y detección de variantes estructurales requiere un alto nivel de resolución y análisis bioinformático para caracterizar con precisión la región QTL”, afirma el investigador.
Adicionalmente, la validación funcional de SNPs y SVs realmente significativos en la resistencia frente a P. salmonis implica pruebas experimentales robustas in vitro, sumado al traslado efectivo a programas de mejoramiento genético que requiere superar desafíos regulatorios, técnicos y de aceptación social.
Primer desafío completado
Con todo, de concretarse los resultados, el impacto para la industria podría ser decisivo. “Al incorporar variantes causales y no solo SNPs en la evaluación genética se podrá mejorar la precisión de las predicciones genómicas, y generar nuevas herramientas biotecnológicas, como blancos para vacunas, terapias dirigidas o potenciales estrategias de edición génica en poblaciones comerciales, entre otras”, destaca el Dr. Yáñez.
Al poco tiempo de iniciado, el proyecto ya cuenta con un desafío experimental ejecutado con éxito en la estación experimental de ATC Patagonia, y actualmente los expertos se encuentran en la etapa de análisis de los genotipos de los ancestros de la generación desafiada contra P. salmonis.
Adicionalmente, según destaca el científico de Favet, la iniciativa cuenta con estudiantes y técnicos especializados que asegurarán la obtención de los resultados esperados.
“Hemos asegurado la participación de dos estudiantes en este proyecto: Marcela González, egresada de Medicina Veterinaria, y Constanza Urzúa Encina, estudiante del Doctorado en Ciencias Silvoagropecuarias y Veterinarias, ambas pertenecientes a la Universidad de Chile. A ellas se suma un equipo técnico con amplia experiencia en cultivo celular y en el diseño y ejecución de desafíos experimentales. Constanza abordará esta parte del proyecto como actividad del doctorado, cuyo objetivo es identificar genes candidatos y variantes genéticas asociadas a la resistencia al SRS, lo que permitirá iniciar pruebas piloto de validación funcional in vitro en la siguiente fase del proyecto”, señala el Dr. Yáñez.
Finalmente, el académico subraya que iniciativas como Edigen y Yelcho demuestran el compromiso público-privado por una acuicultura más sustentable. “Yelcho apunta a reducir el uso de antibióticos en el control del SRS, mientras que Edigen explora la edición genética como herramienta para, entre diversas aplicaciones, aumentar la resistencia a enfermedades bacterianas. En el reciente seminario organizado por Yelcho se presentó Edigen en el contexto de medidas alternativas para el control de SRS, generando un espacio de diálogo sobre cómo la edición genética puede complementar las estrategias sanitarias y contribuir a una acuicultura más sustentable”.
